Zákonem č. 306/2018 Sb., kterým se mění zákon č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů, bylo mimo jiné novelizováno ustanovení § 6 odst. 12 uvedeného zákona, které vymezuje základ daně u příjmů ze závislé činnosti.
Od roku 2019 platí, že základem daně (dílčím základem daně) jsou příjmy ze závislé činnosti, s výjimkou uvedenou v § 6 odstavcích 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., zvýšené o částku odpovídající pojistnému na sociální zabezpečení a příspěvku na státní politiku zaměstnanosti a pojistnému na veřejné zdravotní pojištění, které je z těchto příjmů podle zvláštních právních předpisů povinen platit zaměstnavatel (dále jen „povinné pojistné“); částka odpovídající povinnému pojistnému se při výpočtu základu daně připočte k příjmu ze závislé činnosti i u zaměstnance, u kterého povinnost platit povinné pojistné zaměstnavatel nemá. Zaměstnancem, u kterého povinnost platit povinné pojistné zaměstnavatel nemá, se rozumí zaměstnanec, u něhož se odvod povinného pojistného neřídí právními předpisy České republiky, nebo zaměstnanec, na kterého se zcela nebo částečně vztahuje povinné zahraniční pojištění stejného druhu. Za zaměstnance, u kterého povinnost platit povinné pojistné zaměstnavatel nemá, se nepovažuje zaměstnanec, je-li prokázáno, že se na něho zcela nebo částečně vztahuje povinné zahraniční pojištění stejného druhu, které se řídí právními předpisy jiného členského státu Evropské unie nebo státu tvořícího Evropský hospodářský prostor než Česká republika nebo Švýcarské konfederace; v takovém případě jsou základem daně příjmy ze závislé činnosti zvýšené o částku odpovídající příspěvkům zaměstnavatele na toto povinné zahraniční pojištění a tyto zahraniční příspěvky se považují pro účely daní z příjmů za povinné pojistné. Povinné pojistné se zaokrouhluje na celé koruny směrem nahoru. Při výpočtu základu daně podle věty první se při stanovení částky povinného pojistného nepřihlíží ke slevám nebo k mimořádným slevám na pojistném u zaměstnavatele a ani k jiným částkám, o které si zaměstnavatel snižuje odvody povinného pojistného.
Protože v důsledku novelizace výše uvedeného ustanovení došlo ke změně způsobu výpočtu dílčího základu daně z příjmů ze závislé činnosti u zaměstnanců, na něž se zcela nebo částečně vztahuje povinné zahraniční pojištění stejného druhu, které se řídí právními předpisy jiného členského státu Evropské unie nebo státu tvořícího Evropský hospodářský prostor než Česká republika nebo Švýcarské konfederace, a jelikož byla shora uvedená změna včleněna do zákona na základě pozměňovacího návrhu Senátu ČR, zcela chybí důvodová zpráva, jež by záměr zákonodárce v tomto případě určitým způsobem vymezila, kdy aplikace účelového výkladu je v daném případě navíc velmi obtížná, neboť schválené znění shora novelizovaného ustanovení, je v rozporu se záměrem diskutovaným na plénu Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky, stalo se uvedené ustanovení zákona na návrh předkladatelů předmětem jednání v rámci Koordinačního výboru s Komorou daňových poradců ČR.
Ze zápisu z jednání Koordinačního výboru s Komorou daňových poradců ČR ze dne 20. 3. 2019 (strany 6 až 20) následně vyplývají názory Generálního finančního ředitelství k výše uvedené problematice.